Nos Publications

Choisir son logiciel de facturation électronique

 17 11 2025  |   Logiciel

Depuis plusieurs années, la question de la facturation électronique est devenue un enjeu central pour toutes les entreprises françaises, petites ou grandes. La réforme, qui entrera en vigueur progressivement et qui deviendra obligatoire pour l’ensemble des acteurs économiques à compter de septembre 2027, bouleverse les habitudes établies. Jusqu’à présent, la plupart des entrepreneurs se contentaient d’émettre des factures papier ou au format PDF envoyées par e-mail. Or, à l’avenir, ces formats ne seront plus considérés comme valides au regard de l’administration fiscale.

Chaque entreprise devra être en mesure de produire, transmettre et recevoir des factures dans un format électronique normé, via une plateforme agréée par l’État. Cela suppose donc de réfléchir dès maintenant à la solution technique la plus adaptée. Le choix du logiciel de facturation électronique est une étape stratégique, car il ne s’agit pas seulement d’une question de conformité réglementaire, mais aussi d’efficacité, de flexibilité et de coûts pour l’entreprise.

Le marché propose plusieurs approches, et toutes ne sont pas équivalentes. Certaines impliquent un changement radical d’outils, d’autres s’appuient sur des solutions en ligne ou sur des prestataires extérieurs, tandis que les plus pragmatiques privilégient la conversion de factures existantes. Voyons en détail les différentes options, avec leurs avantages et leurs limites.

Option n°1 : changer complètement de logiciel de facturation

La première solution, souvent mise en avant par certains éditeurs, consiste à abandonner totalement son logiciel actuel pour en adopter un nouveau, conçu dès l’origine pour la facturation électronique. Cette démarche peut sembler séduisante sur le papier, car elle permet de repartir à zéro avec un outil théoriquement optimisé pour les nouvelles obligations.

En réalité, cette option présente plusieurs inconvénients majeurs. Elle implique tout d’abord l’achat d’une licence logicielle, souvent coûteuse. À ce coût initial s’ajoutent des frais annexes : maintenance annuelle, mises à jour obligatoires, formation du personnel, paramétrage complexe avant d’atteindre une utilisation fluide. Contrairement à ce que certains pourraient espérer, l’État n’a pas prévu de subvention spécifique pour compenser ces dépenses liées au passage à la facturation électronique.

Changer de logiciel signifie également accepter une phase de transition parfois longue et douloureuse. Il faut migrer l’historique de factures, réorganiser les modèles existants, adapter les processus internes. Pour les petites structures, cela représente une charge de travail non négligeable. Pour les grandes, c’est un risque opérationnel qui peut ralentir l’activité. En pratique, sauf cas très particuliers, ce choix radical est rarement conseillé.

Option n°2 : passer à un logiciel SaaS

La deuxième solution consiste à basculer vers un logiciel de facturation en mode SaaS (Software as a Service), autrement dit un service en ligne accessible depuis n’importe quel ordinateur connecté à Internet. Cette approche a l’avantage de supprimer l’achat de licence : l’accès au logiciel se fait par abonnement, généralement mensuel ou annuel.

Sur le principe, cela peut paraître attractif, car on évite l’investissement initial lourd. Mais dans les faits, l’économie est relative. Un abonnement reste une charge récurrente, qu’il y ait utilisation intensive ou non du logiciel. Comme pour une salle de sport, vous continuez à payer, que vous vous en serviez ou pas. À long terme, cela peut représenter un coût aussi élevé, voire supérieur, à l’achat d’un logiciel classique.

Au-delà de la question financière, c’est surtout l’organisation interne qui pose problème. Utiliser un logiciel SaaS oblige souvent à ressaisir ou à importer ses factures dans une plateforme extérieure. Autrement dit, vous créez vos factures dans votre ERP ou votre outil habituel, puis vous devez les transférer et parfois les recréer dans le logiciel en ligne. Cette double manipulation fait perdre du temps et génère des risques d’erreurs.

Enfin, il faut souligner la contrainte esthétique et fonctionnelle. Dans la majorité des cas, le format des factures est imposé par le logiciel SaaS. Certes, il est possible d’ajouter un logo, mais la présentation reste uniformisée. Résultat : toutes les factures émises se ressemblent, sans possibilité de personnalisation poussée. Pour certaines entreprises qui ont fait de la facture un support de communication ou d’image de marque, cette uniformisation est perçue comme une véritable régression.

Option n°3 : passer par son comptable ou sa banque

Une troisième voie consiste à externaliser totalement le processus de facturation en le confiant à un tiers de confiance, généralement son expert-comptable ou sa banque. Dans ce modèle, l’entreprise n’a rien à gérer en interne. Elle transmet les éléments nécessaires, et le prestataire se charge d’établir et d’envoyer les factures électroniques conformes.

Cette solution présente l’avantage de la simplicité et de la tranquillité d’esprit. Elle convient bien à certaines professions libérales ou à des entrepreneurs qui souhaitent déléguer intégralement la partie administrative pour se concentrer sur leur cœur de métier.

Cependant, elle implique une dépendance forte vis-à-vis du prestataire choisi. Si toute la facturation est confiée à un expert-comptable ou à une banque, changer de partenaire devient compliqué. On se retrouve parfois contraint de conserver un prestataire dont on n’est plus satisfait, simplement parce que l’ensemble du processus de facturation repose sur lui. L’entreprise perd en autonomie et en flexibilité. Ce choix doit donc être mûrement réfléchi, car il peut créer une forme de verrouillage à long terme.

Option n°4 : utiliser un convertisseur en ligne

Enfin, la quatrième option est souvent considérée comme la plus pragmatique et la plus efficace. Elle consiste à conserver son logiciel habituel, celui avec lequel on travaille déjà au quotidien, et à transformer les factures générées en factures électroniques grâce à un convertisseur en ligne.

Dans ce scénario, l’entreprise ne change rien à son organisation interne. Elle édite ses factures comme d’ordinaire, au format PDF, puis les confie à un opérateur de dématérialisation. Celui-ci se charge de les convertir automatiquement au format électronique exigé (par exemple Factur-X), puis de les transmettre via une plateforme de dématérialisation partenaire agréée par l’État.

L’intérêt de cette approche est multiple. Elle permet d’éviter un investissement lourd dans un nouveau logiciel. Elle ne nécessite pas non plus d’abonnement récurrent : la facturation se fait à l’usage. Si aucune facture n’est émise, aucun coût n’est engagé. C’est une solution souple et proportionnée aux besoins réels de l’entreprise.

De plus, elle préserve les habitudes de travail existantes. Pas besoin de ressaisir les factures dans un outil externe ni de bouleverser son workflow. Tout reste géré en interne, avec la garantie que le résultat final sera parfaitement conforme aux normes de la réforme.

Le choix d’un logiciel ou d’une solution de facturation électronique ne doit pas se faire à la légère. Changer complètement de logiciel peut paraître moderne mais s’avère coûteux et contraignant. Le SaaS apporte de la flexibilité mais impose des abonnements et des formats rigides. Externaliser auprès d’un tiers offre de la simplicité mais réduit fortement l’autonomie. À l’inverse, la solution du convertisseur en ligne combine simplicité, efficacité et économie, tout en laissant l’entreprise libre de conserver ses outils et son organisation.

La réforme de la facturation électronique n’est pas qu’une contrainte réglementaire. Bien pensée, elle peut devenir une opportunité pour moderniser son organisation sans la compliquer inutilement.